醤油麹をつくることを製麹（せいきく）といいます。
蒸煮した大豆と炒り砕いた小麦に種麹を加えて麴室(こうじむろ)に盛り込みます。
温度25-32℃、湿度70%の状態を保ち、かき混ぜる手入れ作業を行うと3日間で醬油麹が完成します。

完成した醤油麹に食塩水を混入して発酵タンクや木樽に仕込んだものを諸味(もろみ)と呼びます。
櫂入れ(かいいれ)という空気を送り込みながらかき混ぜる作業を定期的に行い、福寿醤油では一年以上の時間をかけ熟成した諸味を作ります。

槽（ふね）と呼ばれる木枠で囲んだ大きな箱に1m四方のろ布を広げ、諸味を敷き詰めます。
四隅を畳みこんで上に少し小さめのハンカチと呼ばれる布をかぶせます。
この工程を何度も繰り返し、ろ布を約300枚上に重ねていき、上から圧をかけて絞っていきます。

搾った生醤油の成分調整をした後、加熱します。
火入れは、殺菌の他に色・味・香りを整えたり酵素の働きを止めて品質を安定させるなどの目的があります。
蛇管（螺旋状の管）の付いた大きな窯を使って84℃まで上昇させます。

火入れの後、常温に戻るまで3日を要し、冷めるとオリと呼ばれる不純物(大豆・小麦等のカス)を取り除くろ過を行います。

ガラス瓶やポリ容器等に詰められて、さまざまなところに出荷されていきます。